انجمن کولوپروکتولوژی ایران در راستای ارتقای سطح سلامت جامعه، تلاش می‌کند تا با تدوین و ترویج استانداردهای علمی و درمانی، برگزاری دوره‌های آموزشی، کارگاه‌ها، سمینارها و کنگره‌های تخصصی، نقش مؤثری در توسعه دانش تخصصی این حوزه ایفا کند.

از دیگر اهداف این انجمن می‌توان به حمایت از پژوهش‌های علمی، ارتقای آموزش مداوم پزشکان، افزایش آگاهی عمومی درباره بیماری‌های ناحیه کولورکتال و کمک به تشخیص زودهنگام و درمان مؤثر این بیماری‌ها اشاره کرد.